使用劣質的空氣加濕器，會令空氣質量變得更差，從而使人患各種疾病。使用方法不當，會造成各種細菌的快速傳播，對于家里有老人和小孩子的，對健康不利。電子輻射接觸過多會存在隱患的，盡量遠離人體。

超聲波加濕器噴出的水霧是肉眼可見的、直徑幾微米的水珠顆粒，每個顆粒都是由上萬個水分子組成，其中還含有大量水垢、細菌等雜質，隨著水霧的噴出，水垢(俗稱白粉)、細菌等污染物也被噴到了空氣中，被人體吸入造成健康隱患。

不能直接將自來水加入加濕器。因為自來水中含有多種礦物質，會對加濕器的蒸發器造成損害，所含的水堿也會影響其使用壽命。

自來水中的氯原子和微生物有可能隨水霧吹入空氣中造成污染。如果自來水硬度較高，加濕器噴出的水霧中因含有鈣鎂離子，會產生白色粉末，污染室內空氣。

空氣加濕器用久了，內壁附著的黏性物質會滋生細菌，如果不及時清除，會使加濕的空氣中細菌嚴重超標。